CITI与PhysioNet

在正式介绍MIMIC数据库之前，我们先简单的介绍获得MIMIC数据库的两个网站：CITI与PhysioNet。

CITI（Collaborative Institutional Training Initiative）

CITI是国际知名的网络训练课程，内容相当丰富。除了最早开发生物医学研究及社会行为研究的受试者保护课程外，还有药物临床试验质量管理规范（GCP，Good Clinical Practice）、动物权益保护课程、研究诚信（Reasearch Integrity）课程等。通过完成CITI Program课程，可以获取美国的医师继续教育学分（CME credits）。

Physionet（Research Resource for Complex Physiologic Signals）

PhysioNet中文全称为：复杂生理信号研究资源，这是由美国国立卫生研究院（NIH）资助，现在由MIT的计算生理学实验室管理。在这个资源网站中，管理的医疗数据库主要包括三类：

1. 临床数据库（Clinical Database）

2. 波形数据库（Waveform Database）

3. 图像数据库（Image Database）

   在CITI上通过相关课程考核后，基本都可以得到免费访问。这里简单说一下，临床数据库中不仅仅只有MIMIC数据库，还有eICU（Collaborative Research Database, Paediatric Intersive Care Database）等，与MIMIC数据不同，eICU是一个多中心的ICU数据集，数据采集自飞利浦eICU系统，包含了200000次入院病例，数据内容包括生理体征测量、护理计划文档、疾病严重程度评估、诊断信息和治疗信息。

MIMIC数据集的介绍

MIMIC-II、MIMIC-III、MIMIC-IV

MIMIC- IV的简介

MIMIC全称是Medical Information Mart for Intensive Care， 是一个重症医学数据库，包含了与波士顿贝斯以色列女执事医疗中心(Beth Israel Deaconess Medical Center)重症监护病房患者健康相关的匿名数据，主要是通过麻省理工学院的计算机生理学的科研人员提供。MIMIC-IV包含了每一位患者在医院期间的全面信息，其中有实验室测量、给药、记录的生命体征等。

MIMIC-IV与MIMIC- II、MIMIC-III的区别

1. MIMIC-II收集的是2001年到2008年期间在贝斯以色列医院的重症监护中心，包括了约3万名患者的医疗记录。MIMIC-III收集的是2001年到2012年期间在贝斯以色列医院的重症监护中心患者。MIMIC-IV收集并整合了多个医院在2008年到2019年期间的数据，拥有更广泛的时间范围。

2. MIMIC-II的数据量较少，MIMIC-III大约拥有5.8万名患者数据，MIMIC-IV是目前最大规模的版本，包含了超过30万名患者的数据。

3. MIMIC-II、III、IV数据库都包含了临床数据、实验室结果和医嘱信息，但是MIMIC-III和IV还包含了生理信号数据，例如心电图、呼吸数据等。

4. MIMIC-IV与MIMIC-III结构不同，MIMIC-IV澄清了数据来源，并且回答了许多有关数据覆盖率的问题。例如chartevents这个表是来自ICU临床信息系统，那么它便只会存储ICU患者的数据；labevents表是来自医院的数据库，因此它包含了整个住院的信息。

MIMIC使用流程图

MIMIC-IV数据库的安装

Step1 CITI的认证

首先打开CITI注册网址，进入之后右上角可以转成中文界面，针对下面的问题进行回答：

1. 加入的组织统一写成Massachusetts Institute of Technology Affiliates（麻省理工学院），并同意服务条款和隐私政策。

2. 姓名写真实的自己姓名，邮箱同样。

3. 使用者名称，账号密码，密保都自己随意设定就好。

4. 居住地写China，完成后联系勾选是的。

5. （特别重要)

6. 这一步就是加入机构了，邮箱正常填写，与前面保持一致，Department填写自己所在科室，Role写Clinical Research（临床研究人员）。

7. 这一步我们只需要回答必须回答的问题足以，一个是选择Basic IRB Data or Specimens Only Research这个答案，另一个如果想省去麻烦，选择No，最后Submit。

8. 然后会跳转到一个新的界面点击Start Now就可以开始考试了（里面会让你签同意书)。

9. 完成9项考试，我们会获得相应的证书，一个是Completion Report证书，另一个是Completion Certificate证书，都下载并保存到自己电脑中。

Step2 PhysioNet账号注册

1. 通过PhysioNet官网注册PhysioNet账号。

2. 点击个人设置Setting，如图点击左侧Training，将CITI其中有一个成绩单的证书上传上去（Complete Report)。

3. 再通过左侧Credentialing，提交自己的申请（主要是用MIMIC数据做什么），等待一段时间获得许可。

Step3 MIMIC数据库申请下载及准备工作

接下来下载的东西比较杂，建议先在内存比较大的盘建一个文件夹，把所有的文件都放入其中，安装的路径也放在其中。

1. 获得许可后就可以在physionet网站上搜索MIMIC，如图然后点击MIMIC-IV，跳转到另一个界面，划至底端，提交你的申请即可获得MIMIC-IV数据集下载权限，在这个界面就可以下载到MIMIC-IV数据集的压缩包。

2. 第二步则需要下载后面安装MIMIC-IV数据库的代码，从这个github_MIMIC安装代码网站下载安装的代码的压缩包。所有的sql代码都在/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres路径下。

3. 由于MIMIC-IV的数据表很大，windows系统不能直接解压缩csv文件（Mac系统可以），需要下载7-zip，使用第二步中的解压缩后的文件load_7z.sql导入，这一步就是解压缩7-zip。

4. 安装7-zip后，配置环境变量，右击我的电脑、属性、高级设置，再点环境变量，进入之后找到系统变量的Path，点击并新建路径，新的路径是刚刚安装7zip的路径。

Step4 postgreSQL下载并安装数据库

下面以windows为例：

1. 首先下载postgreSQL，然后下载自身对应系统的最新版本。

2. 以管理员身份运行安装包，安装目录就放在C盘里，后面还有一个数据存放地址，放在一个比较大的磁盘里，创建自己的账号和密码，端口号默认就可以。在开始菜单里运行SQL Shell（psql），一直回车直至出现让你输入密码的password。

3. 出现postgres=#代表安装成功。

4. 现在开始正式安装：

   • 在SQL Shell（psql）输完密码的窗口继续打下面的指令，1、DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;# 删除曾经存在的MIMIC数据库2、CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;# 创建一个数据库mimiciv

   • 再输入\c mimiciv进入到刚刚新建的数据库中。

   • 再使用MIMIC安装包的文件，这个文件在mimic-iv/buildmimic/postgres/文件里，里面有一个文件名是create.sql。接着步骤2指令输入：\i (这里输入create.sql文件所在地)

   • 设置mimic-iv数据存放的路径，输入：\set mimi_data_dir '(这里输入的是MIMC-IV数据集的位置)'

   • windows系统要设置编码方式UTF-8，输入：\encoding 'UTF8'

5. 最后一步使用到load_7z.sql文件记载数据到刚刚建立的mimiciv数据库中，输入：\i (load_7z.sql文件所在地)（建立加载数据库的都在mimic-iv/buildmimic/postgres/）

6. 最后打开postgre SQL官方使用的查询软件pgAdmin 4查询数据，打开pgAdmin 4输入之前设置的密码，左侧就会显示出之前我们所连接的mimiciv数据库。

   安装流程图

    

   1.7-zip安装：

   

   2.环境变量设置：

   

   

   

   

   

   3.利用postgresql安装mimic

   

   创建数据库+创建MIMIC表

   

   设置数据路径+格式+加载MIMIC数据

   

   加载的过程

   

   建立索引